لقد وضع القسم في خطته الاستراتيجية تحقيق الأهداف التالية:
توفير البيئة التعليمية المناسبة: وذلك من خلال الكوادر العلمية والبحثية والفنية المؤهلة، وإعداد المناهج المتطورة، وتوفير الإمكانيات؛ لاعتماد وتفعيل طرق التعلم الحديثة، مثل التعليم بواسطة الحاسوب... إلخ، وكذلك تطوير برنامج الدراسات العليا؛ ليشمل وضع برنامج «درجة الدكتوراه في علم الأدوية»، وتفعيل برنامج «الدبلوم» والمنح الدراسية.
القيام بأنشطة بحثية متميزة تهدف لحل المشكلات الصحية بالمملكة: وذلك من خلال تطوير مجال التميز البحثي للقسم (أبحاث العقاقير من مصادر طبيعية بحرية ونباتية)، ووضع خطة للأولويات البحثية، وتطوير الكوادر الفنية، واستقطاب باحثين من ذوي الكفاءة والخبرة في هذه المجالات، والعمل على إيجاد قنوات للدعم المالي للأبحاث.
تقديم خدمات متميزة للمجتمع والقطاع الصحي: وتشمل دعم وحدة قياس الأدوية وتطويرها، وتأسيس مركز للسموم، وكذلك إنشاء وحدة مراقبة الجودة للمستحضرات الصيدلانية والتكافؤ الحيوي، ووضع برنامج للتجارب الإكلينيكية، والبدء في برنامج التعليم الطبي المستمر.
تفعيل التواصل المتعدد الجهات: ويشمل تقديم المحاضرات العامة بصورة دورية، والتواصل مع القنوات الإعلامية المحلية، وإيجاد قنوات تواصل مع شركات الدواء المحلية، وكذلك عقد اتفاقيات تعاون مع بعض أقسام علم الأدوية المتميزة عربياً ودولياً.